El caballo posee 32 pares de cromosomas, siendo un total de 64 cromosomas. En cualquier célula que posea el cuerpo del caballo, se encontrarán esos 64 cromosomas, a excepción del óvulo y del espermatozoide, donde sólo encontraremos 32 cromosomas (31 somáticos + 1 sexual).
Durante la etapa de reproducción, cada padre aportará 32 cromosomas (por medio del espermatozoide o del óvulo) para poder formar un cigoto equino de 64 cromosomas. Una vez dada la fecundación, ese óvulo y ese espermatozoide se unen para sumar los 64 cromosomas totales que van a tener cada una de las células del potro o potranca.
Se ha visto que en los híbridos (combinaciones de diferentes especies de équidos) sólo hay 63 cromosomas, en vez de 64.
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